恩赦制度って？

今上天皇陛下がご即位なさり、正式な儀礼をおこなうことにともない、国内の犯罪者に対して恩赦が施されるとか。
これは、どういうことなのでしょうか。
罪を償っている途中で、それを許されて、一般市民に復帰することができる制度？
封建制度の時代ならともかく、近代的な政治制度の日本で、この恩赦制度がまだ生き残っているのはなぜでしょうか。
これまでの司法制度や、裁判官の判断をないがしろにするものではないのでしょうか。

・現憲法第7条6　天皇の国事行為

大赦、特赦、減刑、刑の執行の免除及び復権を認証すること。

このように憲法に定められています。
これは、天皇陛下は三権分立の上をいくという意味でしょうか。内閣の承認があれば、司法がくだした刑の執行を免除できるのですから。

くだけていえば、王さまの命令はぜったい！ということかしら。
王さまが許す！といえば、罪は消えるということですね。
現憲法に、このような条項が残されていたのは、どういう意図があってのことなのかしら。

・大日本帝国憲法第16条

天皇ハ大赦特赦減刑及復権ヲ命ス

これがそのまま、現憲法に受け継がれているのですね。
大日本帝国憲法においては、内閣の承認は必要なかったようですが。

恩赦の恩恵に与れるのは、せめて政治犯や思想犯だけにしてほしいとおもいます。
戦後の日本に思想犯はいないとおもいますが。